Kesehatan jiwa juga menjadi bidikan RSUD Ngudi Waluyo Wlingi dalam menambah kualitas pelayanan. Kesehatan fisik dan psikis adalah satu kesatuan makna sehat secara utuh. Poli Psikologi yang dibuka memberikan layanan psikologi klinis berupa pemeriksaan psikologis anak dan dewasa, konseling individu dan kelompok, dan terapi psikologis. Selain itu Poliklinik Psikologi RSUD Ngudi Waluyo Wlingi juga memberikan layanan pada masalah psikologis anak dan remaja baik masalah sekolah maupun di rumah. Masalah di sekolah misalnya keterlambatan belajar, anak hiperaktif, kesulitan belajar karena masalah psikologis, dan kenakalan remaja.